در طی چندین دهه‌ی طولانی، روابط طه حسین و دانشگاه الازهر مصر دچار تنش و کشمکش شد. طه حسین زندگی خویش را با سرکشی در برابر مشایخ الازهر و برنامه‌های درسی این مرکز آغاز کرد. شیوخ ازهر مانع قبولی طه حسین در آزمون دانشنامه‌ی بین‌المللی شدند. بنا بر این او با خشم و نفرت این مرکز را‌‌ رها کرد و در سال ۱۹۰۸م برای تحصیل به دانشگاه ملی مصر «الجامعة المصریة الأهلیة» عزیمت نمود و با نگارش رساله‌ای با عنوان «تجدید ذکری أبی‌العلاء» توانست نخستین مدرک دکترای خویش را از این دانشگاه کسب کند. سپس در سال ۱۹۱۴م به فرانسه سفر کرد. 

طه حسین با انداختن عمامه‌ی خویش در دریا و پوشیدن لباس اروپایی، خصومت خود با الازهر را نشان داد. البته او در گذشته پوشیدن این لباس را ناپسند می‌شمرد و ازدواج مسلمان با زنان اروپایی را حرام می‌دانست. پس از بازگشت از فرانسه در سال ۱۹۱۹م و در طی دهه‌ی بیستم، خصومت طه حسین با دانشگاه ازهر به اوج رسید، بویژه بر سر ماجرای حمایتش در سال ۱۹۲۵م از کتاب جنجالی «الاسلام و اصول الحکم» اثر شیخ علی عبدالرزاق، که خواستار سکولاریزه شدن اسلام و پاکسازی آن از سیاست، حکومت و قانون‌گذاری شده و بر پیکره‌ی سیستم خلافت اسلامی، حتی در دوران راشدین، خاک پاشیده بود. طه حسین از این کتاب‌ دفاع نمود و حتی در نگارش آن‌ سهیم بود. او اعتراف کرد که آن را پیش از چاپ، سه بار خوانده بوده و در آن تعدیلاتی ایجاد نموده است. 

هنگامی که طه حسین در سال ۱۹۲۶م کتاب «فی الشعر الجاهلی» را تألیف کرد و در آن، در برخی از باورهای اسلامی تردید ایجاد کرده و حتی منکر آن‌ها شد، همانند موجودیت تاریخی ابوالانبیاء ابراهیم و فرزندش اسماعیل ـ علیهما السلام ـ و نیز سفرشان به سرزمین حجاز و پایه‌گذاری ساختمان کعبه، جهان اسلام به رهبری الازهر شورید، دانشجویان به راه‌پیمایی پرداختند و اساتید و دانشجویان این دانشگاه بیانیه‌هایی دادند که بعدا مستندی برای دادستانی کل هنگام بازجویی از طه حسین گردید. 

این معرکه در سال ۱۹۳۲م نیز بر ضد کتاب دیگر طه حسین «فی الادب الجاهلی» که در آن کتاب «فی الشعر الجاهلی» خویش را تعدیل و تصحیح کرده بود، تکرار شد. ازهر بر دولت و مجلس فشار آورد تا سرانجام شورای وزیران حکم انفصال طه حسین را از دانشگاه صادر کردند. در این مبارزه افسار قلمش بر ضد ازهر گسیخته شد و در جایی از این تندی چنین تعبیر کرد: «گویا من به شیخ بزرگ و تمام مشایخ، نخست وزیر و همه‌ی وزیران، و حتی در پایان به تمام مردم اهانت کرده‌ام، این کاری احمقانه و شرورانه بوده است». 

 این رنج‌ها باعث شد ـ آن گونه که همسرش می‌گوید ـ به خودکشی بیندیشد. ولی خدا خواست تا این گرفتاری‌ها آغاز تحولاتی فکری در طه حسین باشد؛ او در عمل با تعدادی از نویسندگان بزرگ، همانند حسنین هیکل، عقاد و توفیق حکیم، پیرامون مسائل اسلامی دست به قلم شد. هنگامی که در سال ۱۹۳۵م شیخ مراغی به جمع علمای ازهر پیوست، این دانشگاه به سوی طه حسین آغوش گشود. و همین امر باعث شد تا مجله‌ی الازهر از او بخواهد تا در باب میلاد رسول‌الله ـ صلی الله علیه وسلم ـ مطلبی بنگارد و او هم این درخواست و خوشامد را پاسخ داد. پس از این، لحن طه حسین درباره‌ی این دانشگاه دگرگون شد و حتی اعلان کرد که تحصیل در ازهر همواره بر پایه‌ی آزادی بوده است و باعث استقلال فکری دانش‌آموختگان این مرکز شده است و در این زمینه از همه‌ی دانشگاه‌های شرقی و غربی پیشی گرفته است. او در کنفرانسی در دسامبر ۱۹۴۱م در دانشکده‌ی علوم گفت: «آموختن را در ازهر آغاز کردم که محیطی، بیش از تصور، آزاد بود، ما در آزادی بی‌حد و حصر می‌شنیدیم، با اساتید خود کاملا آزاد بودیم، حتی بیش از آنچه ایشان ما را بیازارند، ما آنان را آزار می‌دادیم، با ایشان بحث می‌کردیم و به درازا می‌کشاندیم. به یاد دارم باری با یکی از اساتید خود بحث می‌کردم که دستانش را به آسمان بالا برد و گفت: «خدا بین من و تو در قیامت داوری می‌کند»! هر چه به ذهن داشتیم به اساتیدمان می‌گفتیم، هنگامی که به دانشگاه قدیم ـ که به روش دانشگاه‌های اروپایی تأسیس شده بود ـ رفتم، دیدم همگونی بسیاری با سیستم ازهر دارد. وقتی به دانشگاه سوربن فرانسه رفتم، مشاهده کردم آزادی در آن کمتر از ازهر نیست، حتی شگفتی‌ام هنگامی افزوده شد که دیدم برخی از مواد درسی و پژوهشی همانند دروس ازهر است. وقتی به قاهره برگشتم، پذیرفتم و دلم سرشار شد که تحصیلِ دانش شایستگی ندارد و ثمر نمی‌دهد و نتیجه ندارد مگر هنگامی که با آزادی همراه باشد، به همین شیوه‌ای که در کهن‌ترین دانشگاه یعنی ازهر، و در تازه‌ترین دانشگاه یعنی دیگر دانشگاه‌های مصر، رایج است». 

بدینگونه، طه حسین از خلال گرفتاری‌ها و همراه با تحولات فکری، با روحیه‌ای جدید و روشی نو از ازهر سخن گفت، و حتی کارش به جایی رسید که پذیرفت انداختن عمامه‌اش در دریا اشتباه بوده است!